由于冬虫夏草生长的环境特殊，因此被采挖离开土壤后，其变质或流失的营养可能性也较大，所以它的处理和保存方法也比较特殊。总地来说，冬虫夏草采挖后应及时去除泥土，尽快使其干燥利于保存。
        对采挖后的冬虫夏草，最好是在采挖后的10分钟内用牙刷轻刷去泥土和虫体残余胎衣，之后的3个小时内，散放于干燥无光照的阴凉地面晾干，这样，可以使冬虫夏草外部颜色更好看些，同时注意用粗铁丝网盖上防鼠。8-12小时后，将已干的冬虫夏草装入塑料薄膜袋子中，底部每公斤冬虫夏草平均放入200克布袋装花椒一个后密封，放于阴凉干燥处，以后每30天检查一次。
        对于已经购买散装冬虫夏草的消费者来说，最现实的保管方法就是在阳光好的时候，把散装冬虫夏草放在阳光充足的地面晒干，之后，轻轻地把冬虫夏草捡起，此时的冬虫夏草很容易断掉，装入塑料薄膜袋子中，底部每公斤冬虫夏草平均放入200克左右布袋装花椒后密封，放于阴凉干燥处。气候干燥的地区，以后每30天左右检查一次并以充足的阳光晒干一次，气候湿润的地区，以后每20天左右检查一次并以充足的阳光晒干一次。
        滋补、养生、强化体质是人们吃冬虫夏草的主要目的，可是吃什么样的冬虫夏草才能达到预期的养生效果呢？青海省冬虫夏草协会针对上述问题，给出的建议是：吃冬虫夏草养生，最好是吃当年的“鲜草”和“头草”。
        冬虫夏草一经挖出成长地，就开始了持续不断的氧化进程，导致营养不断流失，养生价值随时间推移而逐步降低，这也就是行家们吃冬虫夏草滋补养生都偏好新鲜货品的根本原因。
        如今，在青海玉树等冬虫夏草的核心产区，一些多年从业的虫草采集户在青海省冬虫夏草协会的指导下，已开始采用冷藏保鲜的方法，最大程度地存留原生态野生冬虫夏草特有的营养。他们将当年采挖的上好虫草清洗、自然晾干之后，直接进行冷藏保鲜，等到销售旺季到来时，集中出售。这种全程冷藏保鲜的冬虫夏草未经任何防腐处理，，到最终被食用前，几乎未经过其他流通环节，经过人手的环节更少，更新鲜，营养保存更全面。
        每当高原冰雪消融，就意味着野生天然冬虫夏草的采挖季已来临，在这前2-3周内，首批采挖的冬虫夏草业内称之为“头草”，因冬虫夏草新生子座的成长、长大需要消耗虫体的大量营养。采挖“头草”时，因气温尚低，新生子座未开始长大，而具有虫体较大、营养全面、子座较小等上好货品的基本特征。这时采挖的“头草”，虽难以发现，但恰恰品质上乘，之后再采挖的，因子座快速生长，会大量消耗虫体的营养，营养价值明显次于“头草”。

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